廣東省微生物研究所前身為中科院中南真菌研究室，于1964年5月19日經國家科委批準成立，1972年改為現名，隸屬于廣東省科學院。擁有2013年5月獲批的省部共建華南應用微生物國家重點實驗室、1987開始建設并運行的廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和2005年建設的廣東省微生物應用新技術公共實驗室；依托該所的廣東省食品安全檢測與評價科技創新平臺已經搭建；在廣東省材料檢測與評價科技創新平臺中建設的生態毒理和生物安全評價實驗室已經完成全部建設內容并投入運營；廣州國家生物產業基地生物新技術及產品研究開發和測試公共實驗中心已獲國家發改委立項支持，并于2011年完成驗收投入使用。廣東省微生物學會、廣東省食用菌行業協會、廣東省生物技術生產力促進中心、廣東省食用菌產品質量監督檢驗站均掛靠該所。研究所的重點科研領域為微生物資源多樣性與前期開發、微生物生態與環境污染控制、微生物危害及其檢測與控制、微生物分子育種及生物轉化、食藥用菌生物技術與人類健康五個方面。目前所內已形成資源微生物學、環境微生物學、分析微生物學和霉腐微生物學等四個優勢學科，具有博士研究生和碩士研究生培養能力，2010年獲人力資源和社會保障部批準建設博士后科研工作站。廣東省微生物研究所的科技業務工作主要有科技創新、行業共性關鍵技術及科技服務和成果轉移與轉化三個方面，其中科技創新主要依托省部共建華南應用微生物國家重點實驗室、廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和廣東省微生物應用新技術公共實驗室；行業共性關鍵技術及科技服務主要依托廣東省微生物分析檢測中心、廣東省食用菌產品質量監督檢驗站和國家廣州化學品生態環境安全評價服務中心；成果轉移與轉化載體主要依托廣州國家生物產業基地生物新技術及產品研究開發和測試公共實驗中心以及食用菌研究發展中心、微生物檢測新技術研究發展中心、微生物工程研究發展中心及環境微生物研究發展中心等四個科研、開發、推廣應用一體化的研究發展中心。依托于我所的廣東省菌種保藏與應用重點實驗室在2000年、2003年、2006年和2010年連續四次被評為廣東省優秀重點實驗室；廣東省微生物應用新技術公共實驗室2008年以優異成績通過廣東省科技廳的驗收；在廣東省菌種保藏與應用重點實驗室和廣東省微生物應用新技術公共實驗室的基礎上組建的廣東省華南應用微生物重點實驗室2009年獲科技部批準組建省部共建國家重點實驗室培育基地，2012年4月通過科技部組織的專家驗收，2013年3月通過科技部組織的專家論證，成功晉升為省部共建華南應用微生物國家重點實驗室。目前實驗室擁有實驗面積4750平方米，包括公共實驗室、大型儀器室、華南微生物資源中心（包括標本庫和菌種保藏中心）、環境微生物實驗室、微生物檢測與控制實驗室、霉腐微生物實驗室、食藥用菌生理功能及分子機理實驗室、工業化前期實驗室等；擁有各類儀器設備236臺套，儀器設備原值3680萬元，其中30萬元以上設備36臺套，包括流式細胞儀、透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、全自動發酵罐、凝膠成像儀、各類PCR儀、超高效液相色譜儀、微生物電解呼吸儀、質譜聯用儀、氣相色譜儀、電感耦合等離子體質譜儀、高性能三重串聯四級桿液質聯用系統、石墨爐原子吸收光譜儀、高速冷凍離心機、全自動微生物鑒定系統等，以上設備大部分是2008年以來購置，整體儀器設備達到國際先進水平，以上實驗室及設備完全具備了分子水平、細胞水平及基因水平的研究要求。建所以來，在科研項目方面，先后承擔了國家973計劃項目、國家“863”計劃項目、國家重大科技攻關項目、國家科技支撐項目、國家自然科學基金項目、農科成果轉化項目、國家科技型中小型企業技術創新基金項目、國家生物高新技術產業化示范工程項目、廣東省教育部產學研項目、粵港招標項目和省基金團隊項目、省科技創新百項工程項目、省自然科學基金項目、省重大重點科技攻關項目及科技援藏項目、廣州市重大重點科技項目等重大重點科技項目；在標準制定方面，主持和參與七十多個國家、行業和地方標準制修訂項目；在科技成果方面，共取得科技創新成果142項，其中國際先進、領先水平的60項；獲得國家及省部級成果獎108項，其中國家級成果獎6項、省部級一等獎12項；在專利申請方面，共申請專利287件，其中發明專利272件，授權專利162件，其中發明專利147件。在國內外核心學術刊物發表論文1800多篇，出版科技專著36部。